Le décret du 20 novembre 2008 créé le Conseil de l'éducation nationale de Mayotte. Des courriers sont actuellement adressés aux représentants des différentes composantes du Conseil de l'éducation nationale afin qu'ils désignent leurs représentants. Une fois ceci fait, la première réunion de cet organisme consultatif, outil institutionnel de concertation, pourra se tenir. Le Conseil de l'éducation nationale, selon que les questions soumises à délibération sont de la compétence de l'Etat ou de la Collectivité départementale de Mayotte, est présidé par le préfet ou le président du conseil général.
Il comprend des membres de la Collectivité départementale et des communes, des membres représentant les personnels titulaires de l’Etat exerçant leurs fonctions dans les services administratifs et les établissements d’enseignement et de formation du premier et du second degrés, ainsi que les établissements publics d’enseignement supérieur, des parents d’élèves et des étudiants, le président du Conseil économique et social, des représentants des organisations syndicales de salariés, des représentants des organisations syndicales d’employeurs, ainsi qu’un représentant des associations complémentaires de l’enseignement public. Le Conseil de l'éducation nationale est réuni au moins deux fois par an.
Il est notamment consulté sur la répartition entre les communes des charges et des emplois d'enseignants des écoles maternelles et des écoles élémentaires, sur le montant de l'indemnité de logement allouée aux instituteurs (DSI), sur la structure pédagogique des écoles et établissements scolaires, sur la liste annuelle des opérations de construction, sur les modalités générales d'attribution des moyens en emplois et des dotations en crédits ou en nature pour les dépenses pédagogiques des établissements, sur les orientations du programme académique de formation continue des adultes et sur les aspects locaux de la carte des formations supérieures et de la recherche. La compétence de la Collectivité s'exerce sur l'organisation et le fonctionnement des transports scolaires.
